突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
在猫经营的拉面店·拉面赤福工作的主人公·珠子和猫们的日常生活工作故事！
虽然陷入了绝望的危机，但还是设法站了起来。 为了碰撞心中的想法，迎接的是伦的后攻第8回合。 抽出来的是伦所期待的卡片！ 伦因英雄的登场而兴奋。 以无限的希望为力量，阿弥罗斯释放了真正的身影，一下子夺走了雏鸟们的体力。 即使勉强忍耐，安德烈也会在“奇迹”和“希望”面前跪下。 对英雄的方便发怒的雏鸟。 伦和山茶想要用心向那样的两个人伸出手。 到底，希望和绝望的战斗的去向……。 另一方面，掌握了伦和山茶状况的锡安，来到这里不得不变更作战计划。
2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。这一计划的名称是“Niantic计划”。其目的是研究干涉人类精神的未知物质。被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。世界各国的机关暗中进行着这项研究。XM被视为人类的希望或是威胁，大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。在这个世界发生的争斗背后，正是XM的存在。之后，2018年——。以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕。将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来，从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。
