阳光明媚的一天，柯南（高山南 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎（小山力也 配音）来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次（堀川亮 配音）和远山和叶（宫村优子 配音）。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意…… 本片根据青山刚昌的超人气漫画改编，系“名侦探柯南系列”第21部电影版。

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…

性格与爱好截然相反的高中生小桃（若山诗音 配音）和厄卡伦（花江夏树 配音）因为一个赌局获得了各自的超能力，成为了一同对抗怪物和外星人的朋友。小桃的青梅竹马寺仁（石川界人 配音）因为家中发生的一系列怪异现象前来求助，三人一同来到他家所在温泉街，试图解开寺仁家中的谜团，然而在他们踏入小镇的那一刻，就被一股神秘的势力给盯上了。在经历重重危机之后，小桃和厄卡伦帮助寺仁共同揭开了家中的秘密。

十一年一次的祭典即将在正十字学园町召开，奉命随同奥村雪男（福山润 配音）处理幽灵列车事件，却因奥村燐（冈本信彦 配音）和诗绘美（花泽香菜 配音）自作主张，导致事态朝着最混乱的方向发展。暴走的列车不仅损坏大量建筑和设施，还压垮了一个年代久远的神社。遭受禁足惩罚的燐被命令监管原本封印在神社中的少年恶魔，可是在他眼里，那只不过是一个调皮捣蛋却又惹人喜爱的可爱小男孩。燐渐渐放松了警惕，他的友善也得到男孩的热情呼应。与此同时，为防止恶魔入侵，包括台湾支部刘成龙（木内秀信 配音）在内的世界各地顶尖除魔师纷纷云集正十字学园，严阵以待。而在此期间，诡异的事件接连发生……本片为漫画家加藤和惠同名原作改编的TV动画剧场版。

故事背景为存在「外」、「内」两个国家的世界，人类少女「汐华」与非人的异形「老师」共同生活，一段宛如绘本、童话与诗集的黑暗奇幻物语。 　　长篇动画附属于《外之国的少女》番外篇特装版。

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

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位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香 配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找传说中的精灵哲尔尼亚斯（三田佳子 配音）。因为拥有制造钻石的能力，蒂安希在路上遭到了女贼玛丽莲（足立梨花 配音）、忍者盗贼莱欧特（山寺宏一 配音）以及火箭队三人组的刁难，关键时刻多亏小智（松本梨香 配音）出手相助才让她化险为夷。在此之后，公主和小智他们一路同行，几经辗转终于来到了哲尔尼亚斯所在的森林。但是，与这个具有赋予生命能力的传奇精灵并列的，还有一个能够带来死亡的可怕精灵。
　　全新的冒险就此展开…